Η Δρ Ιζαμπέλ Ιωαννίδου είναι ερευνητικό μέλος του Τμήματος Πολιτικών Επιστημών στο Ελεύθερο Πανεπιστήμιο των Βρυξελλών (Vrije Universiteit Brussels, VUB). Προηγουμένως, εργάστηκε για δέκα χρόνια στα θεσμικά όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Υπηρέτησε ως σύμβουλος για θέματα εξωτερικής πολιτικής της ΕΕ (διεύρυνση προς τα Δυτικά Βαλκάνια, στήριξη των πολιτικών μεταβάσεων στη Μέση Ανατολή) και στρατηγικής προοπτικής στο Γραφείο Ευρωπαϊκών Πολιτικών Συμβούλων του Προέδρου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Στη συνέχεια εργάστηκε ως αναλύτρια πολιτικής στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, όπου ήταν υπεύθυνη για την προετοιμασία αξιολογήσεων της εξωτερικής δράσης της ΕΕ (εξωτερική πολιτική, πολιτική ασφάλειας, άμυνας, ανάπτυξης και ανθρωπίνων δικαιωμάτων και εμπορική πολιτική) για τις κοινοβουλευτικές επιτροπές. Έχει επίσης συνεργασθεί ως σύμβουλος με κυβερνήσεις και διεθνείς οργανισμούς (όπως το ΝΑΤΟ, το πρόγραμμα αναπτύξεως των Ηνωμένων Εθνών – UNDP, το Συμβουλίου της Ευρώπης, κ.ά.). Τα αντικείμενα με τα οποία ασχολήθηκε στους παραπάνω οργανισμούς είναι η μεταρρύθμιση του τομέα της ασφάλειας, το κράτος δικαίου, η προστασία των αμάχων και το διεθνές ανθρωπιστικό δίκαιο, και η ανάπτυξη της κοινωνίας των πολιτών σε μεταπολεμικές κοινωνίες.

Παράλληλα, η Δρ Ιωαννίδου εργάστηκε στον τομέα της έρευνας και στον ακαδημαϊκό χώρο. Έχει, μεταξύ άλλων, αναλάβει τους εξής ρόλους: ερευνήτρια για το μέλλον της Ευρώπης στο Institute for Human Sciences (Βιέννη), ανώτερη ερευνητική συνεργάτης στο Institute for European Studies του Ελεύθερου Πανεπιστημίου των Βρυξελλών (Vrije Universiteit Brussels), μεταδιδακτορική ερευνήτρια στο Ελεύθερο Πανεπιστήμιο του Άμστερνταμ, επιστημονική συνεργάτης στο Institute of European Studies του Ελεύθερου Πανεπιστημίου των Βρυξελλών (Université Libre de Bruxelles) και προ-διδακτορική ερευνήτρια Marie Curie στο Bonn International Centre for Conversion (Γερμανία) και στο Centre for International Cooperation and Security (Ηνωμένο Βασίλειο). Έχει διδάξει σε διάφορα πανεπιστήμια και έχει συνεργαστεί με καταξιωμένα ερευνητικά κέντρα στην Ευρώπη και στις ΗΠΑ.

Η έρευνα και οι δημοσιεύσεις της εξετάζουν τη δράση της ΕΕ για την ειρήνη και την ασφάλεια σε μεταβατικές κοινωνίες, τη διακυβέρνηση του τομέα ασφάλειας, τη διεύρυνση της ΕΕ και τη διαχείριση των κρίσεων από την ΕΕ, εστιάζοντας κυρίως στα Δυτικά Βαλκάνια και την Ανατολική Μεσόγειο. Έχει πρακτική εμπειρία στο τομέα της οικοδόμησης της ειρήνης στη Βόρεια Μακεδονία, το Κοσσυφοπέδιο, τη Βοσνία-Ερζεγοβίνη και τα κατεχόμενα Παλαιστινιακά Εδάφη, πέρα από την πατρίδα της Κύπρο, όπου υπήρξε ακτιβίστρια για την ειρήνη.