Το ΕΛΙΑΜΕΠ είναι ένα ανεξάρτητο ερευνητικό ίδρυμα και στο πλαίσιο αυτό εγγυάται την ανεξαρτησία και την ακεραιότητα των ερευνητών του.

Η έρευνα διεξάγεται με σεβασμό στην επιστημονική αλήθεια, την ακαδημαϊκή ελευθερία, τη βιολογική και πνευματική ακεραιότητα του ανθρώπου, την ανθρώπινη αξιοπρέπεια, την πνευματική ιδιοκτησία και τα προσωπικά δεδομένα.

Το ΕΛΙΑΜΕΠ λειτουργεί ως βήμα ελεύθερου διαλόγου και ως κέντρο παραγωγής και διακίνησης ιδεών. Η λογοκλοπή και η ιδιοποίηση ξένων επιτευγμάτων απαγορεύονται αυστηρά. Επίσης, κατά την έρευνα αποφεύγεται κάθε δυσμενής διάκριση πολιτών με βάση την εθνότητα, τη φυλή, την εθνική καταγωγή, τη γλώσσα, το φύλο, τη θρησκεία, την ιδιωτική ζωή, τη σωματική ικανότητα ή την κοινωνικοοικονομική κατάσταση.

Στο πλαίσιο αυτό, το ΕΛΙΑΜΕΠ έχει συγκροτήσει Επιτροπή Ερευνητικής Δεοντολογίας και Ηθικής (Research Ethics Committee) που είναι αρμόδια και μεριμνά για την εφαρμογή του οδηγού ερευνητικής δεοντολογίας και ηθικής και εγγυάται την απαραίτητη σφαιρική εξέταση και αξιολόγηση των επιστημονικών, νομικών και ηθικών ζητημάτων που προκύπτουν. Παράλληλα, οι ερευνητές μεριμνούν με ανεξάρτητο τρόπο, για την ορθή εφαρμογή της νομοθεσίας περί προστασίας των προσωπικών δεδομένων σε συνεργασία με τον Υπεύθυνο Προστασίας Δεδομένων του ΕΛΙΑΜΕΠ. Οι ερευνητές ζητούν την έγγραφη γνωμοδότηση της Επιτροπής Ερευνητικής Δεοντολογίας και Ηθικής (Research Ethics Committee), η οποία λειτουργεί καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους. Οι ερευνητές οφείλουν να εκτιμούν τις επιπτώσεις που μπορεί να έχει η εκούσια ή ακούσια δημοσιοποίηση προσωπικών δεδομένων και σχεδιάζουν την έρευνά τους κατά τρόπο τέτοιο, ώστε να διασφαλίζεται η εμπιστευτικότητα των πληροφοριών.

Το ΕΛΙΑΜΕΠ μεριμνά, πέρα από την κατοχύρωση των δικών του δικαιωμάτων πνευματικής  ιδιοκτησίας, και για την προστασία των συναφών δικαιωμάτων των ερευνητών σχετικά με αποτελέσματα εργασιών που εκπονήθηκαν στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων τους, με τρόπο που να ανταποκρίνεται στις επιταγές της ισχύουσας νομοθεσίας για την προστασία της πνευματικής ιδιοκτησίας.

Το ΕΛΙΑΜΕΠ μεριμνά για τη διάχυση των γνώσεων που παράγονται στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του στη διεθνή επιστημονική κοινότητα. Μεριμνά, επίσης, για τη μετάδοση γνώσεων στο ευρύτερο κοινό με κάθε πρόσφορο μέσο, κατά τρόπο υπεύθυνο και εύληπτο. Στο πλαίσιο αυτό, συμμετέχει ενεργά σε διεθνείς συνεργασίες και δίκτυα, με στόχο την ενημέρωση της κοινής γνώμης και την προαγωγή του κοινωνικού συμφέροντος.

Τέλος, το ΕΛΙΑΜΕΠ είναι υπεύθυνο για τη διαφάνεια ως προς τους οικονομικούς του πόρους, ιδίως τους όρους αποδοχής δημόσιας ή ιδιωτικής χρηματοδότησης.