Με τα χρόνια η έρευνα του ΕΛΙΑΜΕΠ εστιάστηκε στις θεσμικές και πολιτικές διαστάσεις της διαδικασίας ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης, η οποία εξακολουθεί να αποτελεί βασικό τομέα ενδιαφέροντος για το Ίδρυμα. Μετά τη δημιουργία του Παρατηρητηρίου της Κρίσης, τον Ιανουάριο του 2013, προστέθηκε επίσης και η οικονομική διάσταση. Το ΕΛΙΑΜΕΠ έχει συμμετάσχει σε πολλά ερευνητικά έργα σχετικά με τις θεσμικές εξελίξεις της ΕΕ, τη διεύρυνση, τις εξωτερικές και τομεακές πολιτικές, οι οποίες παρουσιάζονται στην παρακάτω ενότητα. Ιδιαίτερη αναφορά πρέπει να δοθεί στα Ευρωπαϊκά Σεμινάρια, ένα κεντρικό στοιχείο των προσπαθειών του Ιδρύματος για τη ενίσχυση του πολιτικού προβληματισμού σχετικά με τις προοπτικές της ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Επίσης, το ΕΛΙΑΜΕΠ συμμετείχε ενεργά σε διαδοχικές φάσεις του σχεδίου «Νέο Σύμφωνο για την Ευρώπη».
