Τα ερευνητικά προγράμματα αποτελούν ένα από τα δύο βασικά εργαλεία (το δεύτερο είναι τα διάφορα εκπαιδευτικά σεμινάρια) που χρησιμοποιεί το ΕΛΙΑΜΕΠ για την επίτευξη των στόχων του. Μεταξύ των σημαντικότερων πεδίων έρευνας συμπεριλαμβάνονται η εμβάθυνση και διεύρυνση της ευρωπαϊκής ενοποίησης, οι πολιτικές, οικονομικές και στρατιωτικές εξελίξεις και προσπάθειες επίλυσης συγκρούσεων στη Νοτιοανατολική Ευρώπη, την περιοχή του Εύξεινου Πόντου, τον Καύκασο, τη Μεσόγειο και την ευρύτερη Μέση Ανατολή, η μετανάστευση, οι διατλαντικές σχέσεις, η κλιματική αλλαγή και οι συνέπειές της για την ανθρώπινη ασφάλεια, η χρηστή διακυβέρνηση, τα ανθρώπινα δικαιώματα, η ενεργειακή ασφάλεια. Επίσης, εδώ και αρκετά χρόνια το ΕΛΙΑΜΕΠ αφιερώνει σημαντικούς ανθρώπινους πόρους στις Ελληνοτουρκικές σχέσεις και το Κυπριακό πρόβλημα, με έμφαση σε στρατηγικές μείωσης των εντάσεων και επίλυσης των διμερών προβλημάτων. Τα ερευνητικά προγράμματα του ΕΛΙΑΜΕΠ, είτε σε ατομική βάση είτε από ομάδες ερευνητών, στοχεύουν στη μελέτη συγκεκριμένων προβλημάτων, τον έγκαιρο εντοπισμό εκτάκτων καταστάσεων και κρίσεων και τη διατύπωση ρεαλιστικών προτάσεων πολιτικής.