Ο Ηλίας Παπαϊωάννου είναι Καθηγητής Οικονομικών στη Σχολή Επιχειρήσεων του Λονδίνου (London Business School) και εταίρος-ερευνητής (research fellow) του Κέντρου Έρευνας Οικονομικής Πολιτικής (CEPR). Ταυτόχρονα υπηρετεί ως Ακαδημαϊκός Διευθυντής του Ινστιτούτου Γούιλερ για τον ρόλο του Επιχειρήν στην Ανάπτυξη (Wheeler Institute for Business and Development). Το τρέχον ακαδημαϊκό έτος υπηρετεί ως Επισκέπτης Καθηγητής (με την έδρα Varian) στο Τμήμα Οικονομικών του Τεχνολογικού Ινστιτούτου της Μασαχουσέτης (ΜΙΤ).
Αποφοίτησε από την Νομική Σχολή του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Συνέχισε τις σπουδές του στο Πανεπιστήμιο Columbia των Η.Π.Α. οπού απέκτησε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα στη Δημόσια Διοίκηση (MPA) με ειδίκευση στην διεθνή οικονομία και μετέπειτα στην Σχολή Επιχειρήσεων του Λονδίνου (London Business School) με διδακτορικό (PhD) στα αναπτυξιακά οικονομικά το 2005. Εργάστηκε για δύο χρόνια στο τμήμα Οικονομικών Ερευνών της Ευρωπαϊκής Κεντρικής Τράπεζας (European Central Bank) στην Φρανκφούρτη. Από το 2007 έως το 2012 διετέλεσε Επίκουρος Καθηγητής Οικονομικών στο Dartmouth College των ΗΠΑ, ενώ κατά την διετία 2010-2012 ήταν Επισκέπτης Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Οικονομικών του Πανεπιστημίου του Harvard.
Η έρευνά του καλύπτει τη διεθνή οικονομία, τα οικονομικά της ανάπτυξης, την πολιτική οικονομία, το δίκαιο και τη χρηματοοικονομική και την οικονομική ιστορία. Έχει δημοσιεύσει στα κορυφαία επιστημονικά περιοδικάόπως στην Econometricaστην American Economic Reviewστο Quarterly Journal of Economicsστην Journal of Political Economyστην Review of Economic Studiesστην Journal of FinanceΤο έργο του έχει εμφανιστεί σε συλλογικούς τόμους και επιθεωρήσεις.
Η έρευνά του έχει αναγνωριστεί με το βραβείο του καλύτερου νέου οικονομολόγου από την Ευρωπαϊκή Τράπεζα Επενδύσεων (European Investment Bank Institute Young Economist Award) το 2013 και την Ευρωπαϊκή Οικονομική Εταιρεία το 2005. Η εργασία του για τον εκδημοκρατισμό και την ανάπτυξη στο Economic Journal απέσπασε το 2008 το βραβείο Austin Robinson από την Βασιλική Οικονομική Εταιρεία. Το 2018 ο Ηλίας έλαβε μια σημαντική διάκριση από το Ευρωπαϊκό Συμβούλιο Έρευνας (European Research Council) για επέκταση της έρευνάς του για τον ρόλο της αποικιοκρατίας στην ανάπτυξη της Αφρικής.