Η Ευγενία Βέλλα είναι μεταδιδακτορική ερευνήτρια του Ελληνικού Ιδρύματος Έρευνας και Καινοτομίας στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΟΠΑ) και ερευνητικός συνεργάτης του Fundació MOVE στη Βαρκελώνη. Τον Νοέμβριο του 2020 εξελέγη σε θέση Επίκουρου Καθηγητή στο τμήμα Διεθνών και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών στο ΟΠΑ.

Κατά την περίοδο 2015-2020, η Ευγενία ήταν μόνιμη Λέκτορας στο τμήμα Οικονομικών Επιστημών στο Πανεπιστήμιο του Σέφιλντ (ΗΒ). Έχει επίσης εργαστεί ως υπότροφος έρευνας των Ευρωπαϊκών υποτροφιών Marie Skłodowska Curie στο MOVE (2018-2020), και  Max Weber (2013-14) και Jean Monnet (2014-15) στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο της Φλωρεντίας. Απέκτησε τον διδακτορικό της τίτλο στα οικονομικά από το ΟΠΑ το 2013.

Τα ερευνητικό πεδίο της Ευγενίας είναι η Διεθνής Μακροοικονομική. Σε μια σειρά από δημοσιευμένα άρθρα με συνεργάτες σε έγκριτα ακαδημαϊκά περιοδικά του εξωτερικού εξετάζει θέματα που σχετίζονται με τη δημοσιονομική πολιτική, όπως η αλληλεπίδραση της φορολογικής εξυγίανσης με τη φοροδιαφυγή και τη διαφθορά, οι επιπτώσεις της δημοσιονομικής λιτότητας σε μια νομισματική ένωση, και ο αντίκτυπος του μεγέθους του  δημόσιου τομέα στην παραγωγικότητα του ιδιωτικού τομέα.

Το πρόσφατο ερευνητικό της έργο επικεντρώνεται στα μακροοικονομικά της μετανάστευσης διερευνώντας α) την αλληλεπίδραση της δημοσιονομικής εξυγίανσης με τη μετανάστευση στην ελληνική οικονομική κρίση κατά την περίοδο 2010-2015 και β) τις μακροοικονομικές επιπτώσεις των μεταναστατευτικών εισροών στη Γερμανία κατά την περίοδο 2006-2019. Πρόσφατα, συν-επιμελήθηκε ένα συλλογικό τόμο για την κατανόηση της μετανάστευσης μέσα από τα μακροοικονομικά.