Τα ερευνητικά προγράμματα αποτελούν κύρια δραστηριότητα του ΕΛΙΑΜΕΠ.
Στα σημαντικότερα πεδία έρευνας περιλαμβάνονται η εμβάθυνση και διεύρυνση της ευρωπαϊκής ενοποίησης, οι πολιτικές και οικονομικές εξελίξεις και προσπάθειες επίλυσης συγκρούσεων στη Νοτιοανατολική Ευρώπη, την περιοχή του Εύξεινου Πόντου, τον Καύκασο, τη Μεσόγειο και την ευρύτερη Μέση Ανατολή.
Περιλαμβάνονται επίσης η μετανάστευση, οι διατλαντικές σχέσεις, η κλιματική αλλαγή και οι συνέπειές της για την ανθρώπινη ασφάλεια, η χρηστή διακυβέρνηση, τα ανθρώπινα δικαιώματα και η ενεργειακή ασφάλεια.
Επίσης, από την ίδρυσή του το ΕΛΙΑΜΕΠ αφιερώνει σημαντικούς ανθρώπινους πόρους στις Ελληνοτουρκικές σχέσεις και το Κυπριακό πρόβλημα, με έμφαση σε στρατηγικές μείωσης των εντάσεων και επίλυσης των διμερών προβλημάτων.
Τα ερευνητικά προγράμματα του ΕΛΙΑΜΕΠ, είτε σε ατομική βάση είτε από ομάδες ερευνητών, στοχεύουν στη μελέτη συγκεκριμένων προβλημάτων, τον έγκαιρο εντοπισμό εκτάκτων καταστάσεων και κρίσεων και τη διατύπωση ρεαλιστικών προτάσεων πολιτικής.
