Το ΕΛΙΑΜΕΠ χρηματοδοτείται κυρίως από την υλοποίηση ανταγωνιστικών ερευνητικών προγραμμάτων και μελετών (πρωτίστως της Ευρωπαϊκής Επιτροπής και δευτερευόντως άλλων φορέων και οργανισμών) καθώς και από τον ιδιωτικό τομέα. Το ΕΛΙΑΜΕΠ διατηρεί ένα εξαιρετικά ανεπτυγμένο δίκτυο διεθνών συνεργασιών με ομοειδή ερευνητικά ιδρύματα και δεξαμενές σκέψης του εξωτερικού. Από το 2008 και έπειτα το ΕΛΙΑΜΕΠ δεν στηρίζεται από κάποια κρατική επιχορήγηση. Πριν από το 2008, η κρατική χρηματοδότηση δεν ξεπέρασε ποτέ το 25-30% του συνολικού προϋπολογισμού του ΕΛΙΑΜΕΠ και αφορούσε κυρίως την υλοποίηση συγκεκριμένων προγραμμάτων και μελετών.
Η μόνη περιουσία που διαθέτει το ΕΛΙΑΜΕΠ είναι τα ιδιόκτητα γραφεία του (προσφορά του Ιδρύματος Α.Γ. Λεβέντη και του Ιδρύματος Σταύρος Σ. Νιάρχος) τα οποία φιλοξενούν έναν αυξανόμενο αριθμό ερευνητών. Η αναμόρφωση της αίθουσας εκδηλώσεων αποτελεί αποκλειστική χορηγία της εταιρείας Raycap.
Το ΕΛΙΑΜΕΠ έχει δημιουργήσει ερευνητικές θέσεις με επώνυμες χορηγίες, όπως αυτή του Ιδρύματος Ιωάννου Φ. Κωστοπούλου και του Ιδρύματος Α. Γ. Λεβέντη. Επίσης φιλοξένησε ερευνητικές θέσεις με την υποστήριξη του Ιδρύματος Μποδοσάκη και της εταιρείας Consolidated Contractors Company (CCC). Οι χορηγίες αυτές συμβάλλουν σημαντικά στην προσπάθεια του ΕΛΙΑΜΕΠ να αναδεικνύει νέους επιστήμονες διεθνούς εμβέλειας και να συμμετέχει ενεργά σε διεθνή δίκτυα και προγράμματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Πρόσφατα προγράμματα και δράσεις του ΕΛΙΑΜΕΠ έχουν υποστηριχθεί από κρατικούς και ιδιωτικούς φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό, όπως τη Γενική Γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, την Αντιπροσωπεία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής στην Ελλάδα, τη Διεύθυνση Δημόσιας Διπλωματίας του ΝΑΤΟ, το Συμβούλιο της Ευρώπης, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, το European Science Foundation, τα ιδρύματα Friedrich Ebert, Konrad Adenauer, German Marshall Fund of the United States, Stiftung Mercator, καθώς και από τον Χρηματοδοτικό Μηχανισμό του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (ΕΟΧ) 2014-2021.
Το Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος και η Τράπεζα της Ελλάδος υποστήριξαν τη λειτουργία του «Παρατηρητηρίου για την Κρίση» του ΕΛΙΑΜΕΠ και συνέβαλαν σημαντικά στη γενικότερη λειτουργία του Ιδρύματος. Ιδιαίτερα σημαντική για την αποτελεσματική λειτουργία του Ιδρύματος και την υλοποίηση συγκεκριμένων δράσεων υπήρξε η υποστήριξη του Κοινωφελούς Ιδρύματος Αλέξανδρος Σ. Ωνάσης, της Εθνικής Τράπεζας, της Α.Ε. Τσιμέντων ΤΙΤΑΝ, του OTE A.E., της S&B Βιομηχανικά Ορυκτά Α.Ε., του Ιδρύματος Λίλιαν Βουδούρη και του Ομίλου Ευθυμιάδη στη Θεσσαλονίκη.
Το Ίδρυμα Καπετάν Βασίλη και Κάρμεν Κωνσταντακοπούλου, η Chrysanthy και George Demos, ο Όμιλος FOURLIS και η Μυτιληναίος Α.Ε. υποστήριξαν το Πρόγραμμα Τουρκίας του ΕΛΙΑΜΕΠ.
Το ΕΛΙΑΜΕΠ τους ευχαριστεί θερμά για την πολύτιμη υποστήριξή τους.
ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΘΕΣΜΙΚΗΣ ΣΥΝΔΡΟΜΗΣ
Το 2004 το ΕΛΙΑΜΕΠ εγκαινίασε το Πρόγραμμα Θεσμικής Συνδρομής. Μέσω του προγράμματος αυτού εταιρείες, επιχειρηματικές ενώσεις, πρεσβείες και άλλοι παρόμοιοι φορείς μπορούν να στηρίξουν τη συνέχιση και την περαιτέρω ανάπτυξη του έργου του Ιδρύματος.
Κατά την τρέχουσα περίοδο στο Πρόγραμμα Θεσμικής Συνδρομής συμμετέχουν οι εξής φορείς:
