Το Πρόγραμμα Νοτιοανατολικής Ευρώπης, που δημιουργήθηκε το 2011 συνεχίζει την παράδοση του ΕΛΙΑΜΕΠ στον χώρο της έρευνας, πολιτικής ανάλυσης με συγκεκριμένες προτάσεις πολιτικής γύρω από τα βαλκανικά ζητήματα που ξεκίνησε από την περίοδο της ίδρυσής του.
Το πρόγραμμα προάγει τον διάλογο σε σημαντικά θέματα της Νοτιοανατολικής Ευρώπης μέσω της διοργάνωσης και συμμετοχής σε υψηλού επιπέδου σχετικές εκδηλώσεις.
Oργανώνει κλειστές συνεδριάσεις στις οποίες διπλωμάτες, διαμορφωτές πολιτικής, ακαδημαϊκοί και δημοσιογράφοι ανταλλάσσουν απόψεις για σημαντικά περιφερειακά προβλήματα.
Το Πρόγραμμα επίσης διοργανώνει διεθνή συνέδρια στην Ελλάδα, ενώ τα μέλη του δίνουν συχνά διαλέξεις και ομιλίες σε συνέδρια που λαμβάνουν χώρα στην Νοτιοανατολική Ευρώπη και διεθνώς.
Στο πλαίσιο του προγράμματος δημοσιεύεται και η επιστημονική επιθεώρηση Southeast European and Black Sea Studies, μια έκδοση του ΕΛΙΑΜΕΠ σε συνεργασία με τον εκδοτικό οίκο Taylor & Francis.
