Ο Αχιλλέας Μητσός υπήρξε Καθηγητής Διεθνών Οικονομικών Σχέσεων στο Πανεπιστήμιο Αιγαίου (μέχρι το 2015), Γενικός Γραμματέας Υπουργείου Παιδείας για θέματα έρευνας (τέλος 2009 έως αρχές 2011), Γενικός Διευθυντής Έρευνας στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή (2004-2005), Επισκέπτης Καθηγητής στην London School of Economics (2004-2008) και στο University of Pittsburgh, USA (2005-2009). Στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή, πριν επιλεγεί ως Γενικός Διευθυντής, υπήρξε Διευθυντής για το «ανθρώπινο ερευνητικό δυναμικό και την κοινωνικό-οικονομική έρευνα», την «επαγγελματική κατάρτιση», τον «συντονισμό των διαρθρωτικών παρεμβάσεων» και Διευθυντής του Γραφείου του Επιτρόπου Γρ. Βάρφη. Είναι μέλος ή πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου  πολλών θεσμών και οργανώσεων για ευρωπαϊκά θέματα και ερευνητική και εκπαιδευτική πολιτική. Έχει συγγράψει βιβλία και άρθρα γύρω από την ευρωπαϊκή ολοκλήρωση, τη διεθνή οικονομία και την ερευνητική πολιτική